Como convelar retros?

Hola.
Voy a empezar con la parte informatica de la maca y tras leer mucho he decidido que voy a seguir la siguiente estructura.
El so retros 2.03 y el frontend (en un principio utilizaria mala por ser mas sencillo) lo voy a instalar en un disco ssd el cual quiero dejar congelado para apagar el sistema desde el interruptor general.
Las roms y el mameui los tendre en un disco duro mecanico.
En una compact flash vieja que tengo queria guardar las puntuaciones y las partidas.
No he encontrado informacion de como hacer esto.
He buscado informacion al respecto y he visto que hay programas para congelar el so.
¿Como se congela el sistema operativo?
¿Donde configuro que la puntuacion se guarde en la compactflash (la utilizare en un multilector conectado por usb)?
Muchas dudas.
Gracias por vuestro tiempo y ayuda.